发展历程：

1953：化学制药工学专业（有机工业系）

1971：化学制药专业（有机工业系）

1978：化学制药专业（应用化学系精细化工系）

1985：化学制药专业（精细化工系）

1993：新设药物制剂专业（精细化工系）

1996：制药工程（化学制药/药物制剂）（精细化工系）

1999：制药工程系成立

2004：9月，新时代341940成立，蒋华良任院长，任德权任名誉院长

2005：1月，上海市化学生物学（芳香杂环）重点实验室（药物化工研究所）整体进入新时代341940；2月，中药现代化工程中心成立；4月，自设化学生物技术与工程二级学科博士点；12月，药学本科新专业获批招生
 2006：1月，新增药物化学和农药学两个二级学科博士点，新增药学、中药学和植物保护三个一级学科硕士点；3月，制药工程系从原化学与制新时代341940整体划归新时代341940；6月，药物科学系成立；9月，药学本科专业首批新生入学；12月，药学实验教学中心成立

2007：10月，制药工程与过程化学教育部工程研究中心获批建设

2008：1月，制药工程专业入选教育部特色专业

2009：6月，华东理工大学GMP研究中心成立（隶属新时代341940）；10月，药学一级学科博士后科研流动站获批设立

2010：5月，制药工程专业入选教育部首批“卓越工程师计划”试点；10月，新增药学、中药学硕士专业学位授权点

2011：3月，获得药学一级学科博士学位授予权；9月，组建首个“制药工程卓越工程师”班；11月，上海市新药设计重点实验室（筹）获批建设

2012：6月，获批与上海医药集团共建国家级工程教育实践中心；10月，植物保护一级学科博士后科研流动站获批设立

2016：教育部第四轮学科评估药学学科进入B+行列

2017：药理学与毒理学进入ESI全球学科排名前1%

2019：农业科学进入ESI全球学科排名前1%